ارزیابی تنوع بیان پروتئین‌های محورجنین در دو رقم برنج با استفاده از الکتروفورز دوبعدی

نویسندگان

1 استادیار گروه مهندسی کشاورزی (اصلاح‌نباتات و ژنتیک)، دانشگاه پیام‌نور، تهران، ایران

2 کارشناس ارشد، مرکز تحقیقات بیولوژی پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی کرمانشاه، کرمانشاه، ایران

doi
10.22084/ab.2020.18624.1404
چکیده

هدف از این مطالعه، ارزیابی و سنجش جامع تغییرات مولکولی ایجاد شده در بیان پروتئین‌های محور جنین برنج، با روش الکتروفورز دوبعدی می‌باشد. تنوع موجود در الگوی پروتئینی محور جنین، در دو رقم برنج متحمل و حساس به شوری (به‌ترتیب حسنی و سنگ‌جو) طی سه تکرار ارزیابی شد. درنتیجه‌ی آنالیز ژل‌های الکتروفورز دوبعدی در محور جنین برنج، 328 لکه تکرارپذیر مشاهده گردید که 63 لکه در سطح 1 درصد اختلاف معنی‌دار نشان دادند. از روش‌های آماری چندمتغیره، نظیر تجزیه خوشه‌ای و تجزیه تابع تشخیص جهت گروه‌بندی لکه‌های بیان شده در دو رقم سنگ‌جو و حسنی، استفاده گردید. اختلاف معنی‌دار بین دو رقم، نشان داد که احتمالاً رقم متحمل جهت مقابله با تنش شوری ویژگی تحمل به تنش را داشته‌اند. آنالیز خوشه‌ای، پروتئین‌ها را )از نظر بیان( در سه خوشه اصلی قرار داد که بیانگر وجود پروتئین‌هایی با بیان مشابه در هر خوشه است. این موضوع بیانگر عملکرد مشابه پروتئین‌های هر خوشه و حضور همه آن‌ها در مسیر بیولوژیکی مشترک می‌باشد. آنالیز تابع تشخیص نتایج حاصل از خوشه‌بندی را 100 درصد تأیید کرد که نشان از انطباق داده‌های پروتئینی با شرایط آزمایش دارد. باتوجه به تعداد بیش‌تر بیان لکه‌های افزایشی در رقم متحمل حسنی نسبت به تنش شوری، و کاهشی بودن بیان لکه‌ها در رقم حساس سنگ جو، می‌توان شناسایی ژن‌های مربوط به این پروتئین‌ها را پیشنهاد نمود. به‌طورکلی، نتایج نشان داد با استفاده از نرم‌افزار و آنالیزهای آماری، به سادگی می‌توان تغییرات بیان معنی‌دار ناشی از تفاوت رقم در سطح پروتئوم جنین را موردارزیابی قرار داد و شاخص تغییرات را مشخص نمود.