کاربرد سیستم الکتروفورز ژل عمودی پلی‌اکریل‌آمید بهینه و مقرون‌به‌صرفه با رنگ‌آمیزی اتیدیوم بروماید در بررسی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ‌های آفتابگردان با استفاده از نشانگر مولکولی TRAP

نویسندگان

1 استادیار پژوهشی، بخش تحقیقات علوم زراعی و باغی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان اردبیل، سازمان تحقیقات، ترویج و آموزش کشاورزی، اردبیل (مغان)، ایران

2 استادیار پژوهشی، بخش تحقیقات علوم زراعی و باغی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان اردبیل، سازمان تحقیقات، ترویج و آموزش کشاورزی، اردبیل (مغان)، ایران

doi
10.22084/ab.2018.14593.1362
چکیده

در این پژوهش کاربرد روش جدید الکتروفورز ژل پلی‌اکریل‌آمید با استفاده از رنگ‌آمیزی اتیدیوم ‌بروماید برای بررسی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ‌های آفتابگردان با استفاده از نشانگر مولکولی نوین TRAP ارائه‌شده که نسبت به روش‌های متداول رنگ‌آمیزی نقره و نشان‌دار کردن آغازگرها با فلورسنت، دارای مزیت‌هایی همچون مقرون‌به‌صرفه بودن، سرعت بالای تجزیه، تجزیه تعداد زیادی نمونه در واحد زمان (196 × 2) در هر آزمایش و هم‌چنین استفاده مجدد از ژل‌ها می‌باشد. 6 آغازگر ثابت و 6 آغازگر تصادفی نشانگر مولکولی TRAP به‌کاررفته توسط این روش الکتروفورز 19 ترکیب نشانگری ایجاد کردند که از میان 116 نوار ایجادشده توسط نشانگر TRAP، 109 تای آن‌ها چندشکل بودند. میانگین تعداد نوارهای چندشکل 79/5 بود. اندازه قطعات آشکارشده بین 25-920 جفت باز بود. محتوای اطلاعات چندشکل (PIC) این نشانگر بین 03/0 و 50/0 با میانگین 33/0 بود. ترکیب نشانگری (MAX3BR و Sa12) با محتوای اطلاعات چندشکل 49/0 چندشکل‌ترین جایگاه بود. نتایج آزمایش نشان داد که این روش نه‌تنها در آشکارسازی محصولات نشانگرهای ریزماهواره بلکه در سایر نشانگرها مانند TRAP که تعداد زیادی نوار چندشکل تولید می‌کنند می‌تواند بسیار مفید واقع شود.