بررسی بیوانفورماتیکی ژنهای خانوادهی عوامل رونویسی WRKY در گندم
نویسندگان
1 استادیار اصلاح نباتات- بیومتری، گروه بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شاهد، تهران
2 فارغالتحصیل کارشناسیارشد بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شاهد، تهران
3 استادیار ژنتیک مولکولی و مهندسی ژنتیک پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، کرج
doi
چکیده
خانوادهی ژنی WRKY رمزکننده گروه بزرگی از عوامل رونویسی هستند که در تنظیم ژنهای پاسخدهنده به تنشهای زیستی و غیرزیستی بهخصوص در تنش خشکی دخیل میباشند؛ برای شناسایی اعضاء این خانواده ژنی در گندم، جستجوی چندگانه در پایگاههای اطلاعاتی مرتبط و tblastn براساس توالیهای حفظشدهی این خانواده در برنج در دادههای nr، EST، HTGS انجام شد. توالیهایی مثل EST و cDNA (فاقد پروتئین) توسط نرمافزارهای DNAstar و NCBI ORF finder ترجمه شدند. همردیفی و آنالیز فیلوژنتیکی با استفاده از نرمافزارهای MEGA4 و BioEdit انجام گردید. الگوی بیانی این خانوادهی ژنی با استفاده از دادههای ریزآرایه و در پایگاههای PLEXdb، GENEVESTGATOR بررسی شد. براساس نتایج بهدست آمده، 94 عضو از خانوادهی ژنی WRKY در گندم یافت شد. برای 76 عضو پیدا شده ساختار حفظ شده خانواده WRKY بهطور کامل وجود داشت و برای دیگر اعضاء توالی کامل پروتئین پیدا نشد. عوامل رونویسی WRKY در گندم همانند برنج بر مبنای ساختار دمین حفاظتشده WRKY به سه گروه تقسیم شدند. 7 عضو از این خانواده، با توجه به بیان افتراقی آنها در پاسخ به تنش خشکی در ارقام حساس و متحمل گندم، بهعنوان ژنهای منتخب برای افزایش تحمل به خشکی در گندم انتخاب شدند.