مروری بر تجزیه و تحلیل تنوع ژنتیکی گیاهی با استفاده از الگوی نواری نشانگرهای مبتنی بر PCR

نویسندگان

1 گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید چمران اهواز، اهواز ،ایران

2 گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید چمران اهواز، اهواز، ایران

doi
10.30473/cb.2024.71938.1980
چکیده

تنوع ژنتیکی یکی از سطوح مهم تنوع زیستی است که برای ایجاد بانک‌های ژنی و غنی‌سازی ذخایر ژنتیکی گیاهی حائز اهمیت می‌باشد. از جمله راه‌های ارزیابی تنوع ژنتیکی، استفاده از الگوی نواری یا باندی (داده‌های صفر و یک) حاصل از نشانگرهای DNA مبتنی بر PCR (مانند RAPD، SSR، ISSR، AFLP، SCoT و غیره) می‌باشد. در صورت قابلیت تکرارپذیری، باندها انتخاب، امتیازدهی و مورد تجزیه و تحلیل قرار می‌گیرند. تجزیه و تحلیل داده‌ها، به وسیله روش‌های آماری چند متغیره نظیر تجزیه خوشه‌ای و تجزیه به مختصات اصلی با استفاده از ضرایب تشابه یا عدم تشابه ژنتیکی مبتنی بر داده‌های صفر و یک (برای نشانگرهای غالب و هم‌بارز) و یا ضرایب مبتنی بر فراوانی آللی (برای نشانگرهای هم‌بارز) و برخی الگوریتم‌ها نظیر UPGMA و Ward انجام می‌شود و بدین ترتیب گروه‌بندی افراد مورد مطالعه و بررسی روابط ژنتیکی آن‌ها صورت می‌گیرد. همچنین با توجه به نوع نشانگر (غالب یا هم‌بارز) و سیستم زادآوری، ارزیابی چندشکلی و بررسی تنوع ژنتیکی درون و بین جمعیت‌ها با استفاده از پارامترهایی نظیر محتوای اطلاعات چندشکلی (PIC)، قدرت تفکیک (Rp)، شاخص نشانگری (MI)، نسبت مکان‌های ژنی چندشکل/نسبت نشانگرهای چندشکل، هتروزیگوسیتی (H)/تنوع ژنی، تنوع آللی (A)، تعداد آلل‌های موثر (Ae)، شاخص شانون (I)، آماره F رایت (FIT, FST, FIS)، Gst و تجزیه و تحلیل واریانس مولکولی (AMOVA) انجام می‌شود. بدین منظور می‌توان از برخی نرم‌افزارها (NTSYSpc، R، DARwin، PAST، Excel، PowerMarker، Popgen و GenAlEx) در گروه‌بندی و برآورد تنوع ژنتیکی بهره جست.