فهرست نشریات علمی دسترسی آزاد ایران

گیاه برنج با نام علمی Oryza sativa جز خانوادة poacea می‌باشد و یکی از مهم‌ترین گیاهان زراعی در کل دنیا می‌باشد، در این پروژه وجود سینتنی در خوشه‌های ژنی دخیل در بیوسنتز متابولیت‌های اولیه و ثانویه شناخته شده در گیاه برنج با 11 گونة مختلف oryza و 3 گونة خویشاوند آن بررسی شده است که بدین منظور در این توالی آن‎ها از بانک اطلاعاتی NCBI دریافت شد و در ادامه ژن‌های دخیل در سنتز متابولیت‌های ثانویه که به‌صورت خوشه‌ ژنی قرار داشتند از وب‌سایت planti smash دریافت شدند، در مرحله بعد ژن‌هایی که از طریق پایگاه‎ داده‎ها برای این پژوهش انتخاب شدند را در تمام 13 گونة دیگر به‌منظور شناسایی توالی‌های مشابه برنج در سایر گونة دیگر با استفاده از blastn پیدا کرده و توالی این ژن‌ها را از دیتابیس NCBI دریافت شدند. به‌منظور مپ‌کردن ژن‌های مربوط به هر گونه با ژنوم همان‌گونه از نرم‌افزار gmap استفاده گردید. همچنین بر روی همه ژن‌ها blastn صورت گرفت طور یکه query ژن‌های خوشه‌های‌ ژنی تولیدکننده متابولیت‌های ثانویه در گیاه برنج و subject ژن‌های معادل در سایر 13 گونه‌ها بودند. در مرحلة آخر نیز با استفاده از نرم‌افزار MCScanX بلوک‌های ژنی دارای سینتنی مشخص شدند. با توجه‌به نتایج بدست آمده وجود سینتنی در این خوشه‌های‌ ژنی در گیاهان O. rufipogom، O. punctata و O. sativa indica ثابت شد. می‎توان با شناسایی عوامل تنظیمی مشترک در خوشه‎های ژنی به‎منظور مهندسی تنظیمی آنها بهره جست یا به‎دلیل وراثت باهم ژن‎های آن خوشه‎ها، با تولید لاین‎هایی با جایگزین کروموزومی حامل خوشة ژنی به انتقال خوشه‎های ژنی مطلوب مبادرت ورزید.