شناسایی و آنالیز ژنهای کلیدی و مسیرهای سیگنالدهی دخیل در قطر پشم گوسفند
نویسندگان
1 دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه جیرفت، جیرفت، ایران.
2 دانشجوی دکتری گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران.
doi
10.22092/asj.2023.361244.2288چکیده
پشم گوسفند یک ماده خام بسیار مهم برای صنعت نساجی است. از آنجایی که قطر الیاف یکی از مهمترین ویژگیهای اقتصادی پشم گوسفند است، شناسایی ژنهای تنظیمکننده این ویژگی فرصتی را برای افزایش بهرهوری و بهبود کیفیت و تنوع محصول ارائه میدهد. پژوهشهای مختلفی صورت گرفته و ژنهای مختلفی در رابطه با الیاف تولیدی شناسایی شده است. هر ژن ممکن است در مسیرهای زیستی مختلفی دخیل باشد که شناسایی این مسیرهای زیستی و ژنها تشکیل دهنده آن دیدگاه وسیعتر و فهم کاملتری در مورد مکانیسم ژنتیکی پیچیده صفات تولیدی ایجاد می کند که میتواند از طریق شناسایی نشانگرهای زیستی برای صفات تولیدی قدم مفیدی در جهت بهبود اصلاح نژاد باشد. دادههای مورد استفاده در این پژوهش از پایگاه دادهای GEO با شماره دسترسی GSE85844 دانلود شدند و به منظور سنجش کیفیت و یک دست بودن مورد بررسی قرار گرفتند. جهت شناسایی ژنها با بیان متفاوت حد آستانهای در نظر گرفته شده که شامل P-value و Fold Change میباشد. جهت ترسیم شبکه و آنالیز هستیشناسی از نرمافزارString و آنالیز شبکه از نرمافزار Cytoscape افزونه cytoHubba استفاده شد. در مجموع 702 ژن با بیان متفاوت شناسایی شد که در 37 مسیربیولوژیکی مرتبط با تولید فولیکولهای پشم دخیل هستند. نتایج آنالیز شبکه 11 ژن بزرگ اثر را شناسایی کرد که بر رشد و قطر پشم تاثیر دارند. این نتایج منابع ارزشمندی را برای افزایش کیفیت و تولید پشم گوسفند فراهم می کند.