تعیین دامین های کارکردی و مدل توپولوژی ژن دلتا 6 دسچوراز غشائی قارچ Mortierella alpina
نویسندگان
1 کارشناسارشد بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه صنعتی شاهرود، شاهرود، ایران
2 دانشیار گروه به نژادی و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی دانشگاه تبریز، تبریز، ایران
3 استادیار ژنتیک مولکولی و مهندسی ژنتیک، دانشکده کشاورزی، دانشگاه صنعتی شاهرود، شاهرود، ایران
doi
چکیده
دسچورازها (EC: 1.14.19.3) کاتالیزگرهای واکنش دهیدروژناسیون بوده و باعث ایجاد پیوند دوگانه در زنجیره اسیدچرب میشوند. این آنزیمها به دو گروه محلول و غشائی تقسیم گردیده، هر یک دارای موتیفهای متفاوتی میباشند. با اینکه دلتا 6 دسچوراز آنزیم کلیدی در بیوسنتز اسیدهایچرب غیراشباع میباشد، ولی بخاطر غشایی بودن، ساختار کریستالی و سهبعدی آن تعیین نگردیده است. قارچ Mortierella alpina منبع غنی تولید اسیدچرب غیراشباع اسید آراشیدونیک بوده و دارای آنزیم دلتا 6 دسچوراز فعالی میباشد. هدف از این تحقیق، دستیابی به توالی کدکننده ژن دلتا 6 دسچوراز و تعیین جایگاه دامینهای کارکردی با استفاده از آنالیزهای مقایسهای و مدلهای مولکولی و پیشنهاد یک مدل توپولوژی غشائی برای این آنزیم میباشد. بدین منظور پس از استخراج RNA و سنتز cDNA توسط آغازگرهای اختصاصی، همسانهسازی در ناقلpBlueScriptSK+ انجام و سپس توالییابی شد. بر اساس بررسیهای بیوانفورماتیکی توسط سرورهای Swissmodel، Predict و Phobius وجود دامین سیتوکروم b5 حاوی موتیف (HPGG)، 3 موتیف جعبه هیستیدینی و نواحی ترانسممبران تعیین و سپس یک مدل توپولوژی غشائی برای توالی موردنظر پیشنهاد گردید.
