بررسی شبکه تنظیمی ژن‌های مؤثر بر صفات تولید و ترکیبات شیر گوسفند با استفاده از مطالعات پویش کل ژنومی (GWAS)

نویسندگان

1 دانشیار دانشکده کشاورزی و محیط زیست دانشگاه اراک، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، گروه علوم دامی

2 استادیار دانشکده کشاورزی و محیط زیست دانشگاه اراک، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، گروه علوم دامی

3 دانش‌آموخته دانشکده کشاورزی و محیط زیست دانشگاه اراک و عضو هیئت علمی مرکز تحقیقات کشاورزی استان مرکزی

4 دانشیار دانشکده کشاورزی و محیط زیست دانشگاه اراک، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، گروه علوم دامی

5 استادیار دانشکده کشاورزی و محیط زیست دانشگاه اراک، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، گروه علوم دامی

doi
10.22092/asj.2023.358881.2234
چکیده

به‌منظور بهره‌گیری از نتایج تحقیقات مرتبط با مطالعات پویش کل ژنومی (GWAS) و استفاده از آن در جهت ترسیم شبکه‌های تنظیم ژنی، مطالعات جدیدی در حال انجام می‌باشد که مبنای آن استفاده از الگوریتم‌های ماتریس AWM است (Reverter و Fortes، 2013). در مطالعه حاضر، شبکه‌های ژنی از طریق الگوریتم‌های ماتریسAWM -PCIT و ارتباط SNPها با فنوتیپ‌های تولید و ترکیبات شیر گوسفند ترسیم شد. بدین منظور از داده‌های تولید و ترکیبات شیر ‌469 رأس میش نژاد Valle del Belice و اطلاعات ژنوتیپی ‌37228 SNP استفاده شد. داده‌های فنوتیپی شامل 5328 رکورد روز آزمایش برای 6 صفت تولید شیر (مقدار تولید، میزان و درصد چربی، میزان و درصد پروتئین و تعداد سلول‌های بدنی شیر) بود و شبکه تنظیم ژنی با استفاده از برنامه cytoscape رسم شد. نتایج نشان داد که استفاده از الگوریتم‌های AWM-PCIT از بین ژن‌های شناسایی موجود، که در ارتباط مستقیم و غیرمستقیم با صفات مرتبط با شیر بودند ژن‌های OSBPL3، ERBB4، VGLL4، BAZ1A، DDX25، CDH23، ITSN2، DPY30، FAT3 و CAPN10 شناسایی شدند. نتایج مطالعه حاضر و سایر مطالعات نشان داد که فرآیند پیچیده تولید و ترکیبات شیر تحت تأثیر شبکه تنظیم ژنی بیش از 10 ژن مهم و ارتباط با تعداد زیادی از ژن‌های دیگرقرار دارد و با توجه به تأیید نتایج حاصل از مطالعه قبلی در زمینه‌ی پویش ژنومی صفات تولید و ترکیبات شیر، و شناسایی مناطق ژنومی جدید مرتبط با این صفات، استفاده از یافته‌های این تحقیق، می‌تواند در انتخاب ژنتیکی گوسفند مفید باشد.