آنالیز ترانسکریپتوم بافت برگ ارقام جو متفاوت در تشکیل زیست توده در مرحله زایشی
نویسندگان
1 استاد، بخش تغذیه ملکولی، دانشگاه هاله ویتنبرگ، هاله، آلمان
2 استاد، موسسه بیوشیمی و بیوتکنولوژی، دانشگاه هاله ویتنبرگ، هاله، آلمان.
3 دانشجوی دکتری، موسسه بیوشیمی و بیوتکنولوژی، دانشگاه هاله ویتنبرگ، هاله، آلمان.
4 استاد، بخش ریزازدیادی، موسسه گیاهان زینتی و سبزی صیفی، ایرفورت، آلمان
doi
چکیده
کشف همبستگی میان تجمع زیستتوده در گیاه و عملکرد، پیش نیاز درک ارتباط بین داده های امیکس و میزان رشد در گیاهان است. برای جستجوی این ارتباط بین ترانسکریپتها و نقش تنظیمی آنها در تشکیل زیستتوده لیگنوسلولزی در فاز زایشی جو، پروفایل ترانسکریپتها دو هفته پس از گلدهی در 3 لاین جو بهاره مورد استفاده قرار گرفت. یک ریزآرایه سفارشی (custom microarray) متشکل از 56000 اولیگونوکلئوتید برای آنالیز ترانسکریپتوم برگ پرچم در مرحله زایشی استفاده شد. شبکه ی همبستگی ترانسکریپتهای درگیر در متابولیسم ثانویه و متابولیسم RNA، دارای تعداد بیشتری همبستگی مثبت نسبت به منفی بود که از این بین یک سیگنال ملکول،ABH1-Cap binding protein بالاترین میزان اتصال را به دیگر ترانسکریپتها نشان داد. آنالیز آماری یک همبستگی مثبت بین ABH1-Cap binding protein و یک ژن کلیدی مسیر فنیل پروپانویید، به نام Cinnamoyl-COA reductase نشان داد. تلفیق داده های بدست آمده پیشنهاد کننده ی این موضوع هستند که ژن (CCR) Cinnamoyl-COA reductase ممکن است بتوانند بهعنوان بیومارکر برای مهندسی اصلاح زیستتوده لیگنوسلولزی در فاز زایشی جو استفاده شود.
