ارزیابی رشد ژنتیکی و روند همخونی جمعیت‌های شبیه‌سازی شده براساس طرح‌های آمیزشی و ماتریس‌های مختلف خویشاوندی

نویسندگان

1 عضو هیأت علمی گروه علوم دامی، دانشگاه گیلان.

2 عضو هیأت علمی گروه علوم دامی، دانشگاه تهران

3 دانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، دانشگاه گیلان

4 عضو هیأت علمی گروه علوم دامی، دانشگاه گیلان.

doi
10.22092/asj.2019.125315.1878
چکیده

اطلاعات ژنومی قابلیت بالقوه‌ای برای کنترل همخونی فرزندان ایجاد کرده است. در روش معمول برای این منظور، طرح‌های آمیزش برای محدود ساختن سطح همخونی مورد پیش‌بینی نتاج از طریق ماتریس روابط خویشاوندی مورد استفاده قرار می‌‌گیرند. در این مطالعه با هدف بهبود پیشرفت ژنتیکی و محدودکردن سطح همخونی نتاج، با استفاده از نرم افزار QMSim، جمعیتی با اندازه ثابت 1000 فرد و 26 کروموزوم و در مجموع 60000 نشانگر و 1930 QTL به عنوان جمعیت پایه شبیه‌سازی شد و اندازه این جمعیت بعد از 1000 نسل به 2000 فرد رسید. از بسط جمعیت تاریخی به تعداد 10 نسل، جمعیت ثانویه متشکل از 500 نر و 500 ماده ایجاد شد و صفتی با وراثت پذیری 3/0 شبیه‌سازی گردید. هشت استراتژی شامل دو طرح آمیزشی: حداقل همخونی(minf) و تصادفی(rnd) و چهار معیار محاسبه خویشاوندی شامل ماتریس‌های A، GRM، IBS و Weighted برای 10 نسل دیگر مورد ارزیابی قرار گرفتند. هر استراتژی 10 بار تکرارگردید. مقایسه استراتژی‌ها نشان داد، نوع طرح آمیزشی و معیارهای مختلف خویشاوندی در میزان رشد ژنتیکی، همخونی و هموزیگوسیتی جمعیت تاثیر معنی‌داری داشتند (p <0.05). نوع ماتریس خویشاوندی صحت ارزیابی‌ها را تحت تاثیر قرار داد. در استراتژی‌های‌ با ماتریس وزن داده شده (Gweighted)، میانگین رشد ژنتیکی در طی10 نسل پایین‌تر از استراتژی‌های با ماتریسA، GRM و IBS بود. در استراتژی‌های با طرح آمیزش rnd نرخ همخونی در طی 10 نسل روندی افزایشی داشت.