مقایسه رویکرد حداکثر درست نمایی محدود شده با بیزی در برآورد اجزای واریانس ژنومی صفات پشم گوسفند مرینوس

نویسندگان

1 دانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد دام-دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین خوزستان

2 دانشیار ژنتیک و اصلاح نژاد دام- دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین خوزستان

3 استادیار ژنتیک و اصلاح نژاد دام، پردیس ابوریحان دانشگاه تهران، گروه علوم دامی

4 استاد دانشکده کشاورزی و علوم روستائی دانشگاه نیوانگلند، آرمیدال، استرالیا

5 استاد ژنتیک و اصلاح نژاد دام، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین خوزستان.

doi
10.22092/asj.2017.114469.1480
چکیده

برآورد دقیق اجزای واریانس ژنتیکی و غیرژنتیکی با اطلاعات شجره‌ای و ژنومی، از ملزومات پیش‌بینی صحیح ارزش‌های اصلاحی می‌باشد. از آنجایی که تراشه‌های چندشکلی تک‌نوکلئوتیدی (SNP) کل ژنوم را پوشش می‌دهند، نشانگرها تمامی جایگاه‌های صفات کمی را تحت پوشش قرار داده و به طور بالقوه تمام واریانس ژنتیکی را توجیه می‌کنند. در این پژوهش از SNPهای گوسفندان مرینوس استرالیایی استفاده شد. صفات طول و قطر تار پشم مورد بررسی قرار گرفتند. برای مطالعه رابطه بین فراوانی آللی و مقدار واریانس ژنتیکی افزایشی توجیه شده، SNPها در پنج گروه مختلف از فراوانی آللی کمیاب (MAF)، طبقه بندی شدند. دو مدل آماری با آنالیز مجزای هر گروه SNP و آنالیز توام هر پنج گروه SNP برازش شدند. آنالیزهای آماری با دو روش حداکثر درست‌نمایی محدود شده ژنومی (روش پارامتری) و بیزی (با استفاده از تکنیک نمونه‌گیری گیبس و مدل RKHS (روش نیمه‌پارامتری)) انجام شد. مقدار وراثت‌پذیری ژنومی برآورد شده توسط همه SNPها در رویکرد REML، برای قطر و طول تار پشم به ترتیب برابر 72/0 و 48/0 بود. در رویکرد بیزی این مقدار وراثت‌پذیری برای صفات مذکور به ترتیب برابر 74/0 و 47/0 برآورد گردید. در تجزیه و تحلیل مجزای گروه‌های مختلف MAF مقادیر وراثت‌پذیری ژنومی هر دو رویکرد مشابه ولی در تجزیه توأم، بین دو رویکرد تفاوت زیادی وجود داشت. بطور کلی در مدل‌های ساده نتایج دو رویکرد مشابه بوده ولی در مدل‌های پیچیده مانند آنالیز توأم نتایج دو مدل متفاوت و معنی‌دار هستند. برای بررسی این‌که کدام روش از اعتبار بالاتری برخوردار است نیاز به تحقیقات آتی می‌باشد.