مقایسه روش‌های HRM و DGGE جهت بررسی ترکیب جوامع باکتریایی خاک در کاربری‌های اراضی مختلف

نویسندگان

1 استاد گروه علوم خاک- دانشگاه فردوسی مشهد

2 استادیار دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی- دانشگاه آزاد اسلامی واحد کرج

3 استادیار گروه علوم خاک- دانشگاه جیرفت

4 دانشیار گروه علوم خاک- دانشگاه فردوسی مشهد

doi
10.22092/sbj.2022.354084.215
چکیده

تغییر کاربری اراضی یکی از مهمترین فاکتورهایی است که جوامع ریزجانداران خاک را تحت تأثیر قرار داده که نقش محوری در اکثر فرایندهای بیوژئوشیمیایی و اکولوژیکی ایفا می‌کنند. به‌منظور بررسی تأثیر تغییر کاربری اراضی (از مراتع بوته‌زار به کشاورزی) روی ترکیب جوامع باکتریایی خاک، مطالعه‌ای با استفاده از آنالیز تفکیک‌پذیری بالای ذوب (HRM) و ‌روش ژل الکتروفورز با شیب واسرشت­ساز (DGGE) در سه کاربری اراضی باغی، زراعی و مرتع بوته‌زار در دشت جیرفت انجام شد. برای آنالیز HRM از نرم‎‌افزار جانبی دستگاه Real-time PCR که مجهز به این تکنیک است، استفاده شد. DGGE با استفاده از سیستم جهانی تشخیص جهش انجام شد. نتایج تکنیک HRM و همپنین نتایج رج‌بندی با استفاده از روش مقیاس‌بندی چند بعدی غیرمتریک (NMDS) و بر پایه حضور یا عدم حضور باندهای DGGE در نمونه‌های خاک نشان دادند که تغییر کاربری اراضی از مراتع بوته‌زار به کشاورزی (باغ و زراعی) سبب تغییر معنی‌دار در ترکیب جوامع باکتریایی خاک شده است. همچنین با توجه به نتایج هر دو روش، ترکیب جوامع باکتریایی خاک در کاربری­های اراضی کشاورزی (باغ و زراعی) نسبت به کاربری مرتع بوته‌زار دارای شباهت بیشتری بود. از آنجایی که آنالیز HRM در مقایسه با تکنیک DGGE کم هزینه­تر، راحت­تر و دارای انحراف کمتر می­باشد، جهت مقایسه ترکیب جوامع باکتریایی خاک بین نمونه‌های مختلف پیشنهاد می­شود.