فهرست نشریات علمی دسترسی آزاد ایران

عملکرد مولکول‌های RNA اغلب به ساختار فضایی آنها بستگی دارد. ساختار فضایی یک مولکول RNA را می‌توان با روشهای آزمایشگاهی مانند NMR و یا کریستالوگرافی اشعه‌ی ایکس به طور دقیق مشخص کرد، ولی این کار مستلزم صرف زمان و هزینه‌ی بالایی می‌باشد. به همین دلیل، استفاده از روشهای محاسباتی برای پیش‌بینی ساختار فضایی یک مولکول RNA بسیار مورد توجه قرار گرفته است. به دلیل این که مسئله پیش‌بینی ساختارهای فضایی RNA بسیار پیچیده بوده و از نظر محاسباتی پرهزینه است، لذا اکثر تحقیقات انجام شده در این زمینه بر روی مسائلی تمرکز دارند که به ساختار دوم RNA مرتبط می‌باشند. این نوع ساختار را می‌توان به صورت مجموعه‌ای از موقعیتهای جفت شده در یک دنباله‌ی RNA توصیف کرد. مسئله پیش‌بینی ساختار دوم RNA در حدود ٣٠ سال پیش ارائه شده و تا کنون تحقیقات زیادی بر روی آن انجام شده است. کمینه‌سازی سطح انرژی به عنوان یکی از رویکردهای مهم برای حل این مسئله پیشنهاد شده و بر اساس آن الگوریتم‌های نوسینف  و زوکر  ارائه شده‌اند. در این مقاله، پس از ارائه تعاریف اولیه مربوط به ساختارهای RNA، این دو الگوریتم با جزئیات کامل ارائه و تحلیل می‌شوند.