تجزیهوتحلیل پروتئوم پیازچه درگونههای Allium stipitatum و A. scabriscapum ایرانی برای شناسایی پروتئینهای با بیان متفاوت
نویسندگان
1 دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی کشاورزی، گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه لرستان
2 نویسنده مسئول مکاتبات، استاد، گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه لرستان
3 استاد گروه زراعت و اصلاح نباتات، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج
4 استاد گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه لرستان
doi
10.22092/ijrfpbgr.2021.355432.1389چکیده
جنس Allium شامل بیش از 920 گونه در سراسر جهان است. ایران زیستگاه اصلی بسیاری از گونه های وحشی Allium میباشد. در این مطالعه از بافت پیازچه دو گونه A. stipitatum و A. scabriscapum از دو زیرجنسMelanocrommyum و Reticulatobulbosa با هدف ارزیابی و شناسایی الگوی بیانی پروتئینهای ذخیرهای حاصل از روش SDS-PAGE استفاده شد. برای شناسایی لکه های پروتئینی و مشاهده تغییرات بیانی دو گونه از الکتروفورز ژل دوبعدی و طیفسنجی جرمیMALDI TOF/TOF MS استفاده گردید. آنالیز ژل های حاصل از الکتروفورز دوبعدی منجر به شناسایی 138 لکه پروتئینی شد. نتایج حاصل بیانگر شباهت اندک میان ژلها و الگوی بیانی متفاوت در بین نمونه ها بود که بر این اساس تعداد کمی لکه مشابه در هر دو ژل حاصل شد. نتایج نشان داد در پروفایل بیانی پروتئین های بافت پیازچه این نمونهها تفاوتهای معنی داری وجود داشت که با استفاده از آزمون T تعداد 9 لکه پروتئینی دارای بیشترین تغییرات معنیدار در سطح احتمال 5% شناسایی شدند و از بین آنها 3 لکه متفاوت با استفاده از روش طیفسنجی جرمی برای شناسایی انتخاب شد. نتایج آزمایش طیفسنجی جرمی و تطبیق داده های حاصل با پایگاه دادههای NCBI و Uniprot و ابزارهای بیوانفورماتیکی مشخص کرد که لکه های مورد آزمایش با پروتئین های Maturase k، Agmatine coumaroyltransferase-1 و یک پروتئین با عملکرد نامشخص بنام Hypothetical Protein مطابقت داشت. یافته های این مطالعه نشان داد با توجه به اینکه نمونه های متعلق به دو گونه A.stipitatum و A. scabriscapum از یک جنس هستند اما الگوی بیانی پروتئینهای ذخیرهای آنها در بافت پیازچه بسیار متفاوت از یکدیگر است.