ارزیابی تنوع ژنتیکی اکوتیپهای زیره سیاه ایران (Bunium persicum Boiss) با توالییابی نواحی ITS ازDNA ریبوزومی هسته
نویسندگان
1 دانشجوی دکتری، گروه مهندسی علوم زیستی، دانشکده علوم و فنون نوین، دانشگاه تهران
2 استاد، گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج
3 استادیار، گروه بیوتکنولوژی و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل
4 دانشیار، گروه علوم زراعی و اصلاح نباتات، پردیس ابوریحان، دانشگاه تهران
5 نویسنده مسئول مکاتبات، استاد، گروه تحقیقاتی زیست فناوری، مؤسسه تحقیقات جنگلها و مراتع کشور، تهران
doi
10.22092/ijrfpbgr.2014.7645چکیده
زیره سیاه گیاه علفی و چندساله از خانواده چتریان است و رویشگاه طبیعی آن به ایران و تعداد کمی از کشورهای همسایه محدود میشود. با هدف ارزیابی تنوع ژنتیکی زیره سیاه ایران، نه اکوتیپ این گیاه از مناطق مختلف کشور جمعآوری شد و ناحیه ITS2 و همچنین ناحیه ITS1-5.8s rRNA- ITS2 روی آنها تکثیر و تعیین توالی شد. توالیها به روش ClustalW توسط نرمافزار MegAlign همردیفسازی شده و دندروگرام روابط فیلوژنیک و ماتریس تفاوت و تشابه توالیها ترسیم گردیدند. نتایج، تنوع ژنتیکی کمی را بین اکوتیپها نشان داد که در مقایسه با مطالعه پیشین نویسندگان با استفاده از نشانگرهای مورفولوژیک و بیوشیمیایی، تنوع کمتری داشتند. همچنین، در دو اکوتیپ دانشگاه مشهد و کلات نادری، توالی ناحیه ITS1-5.8s rRNA- ITS2 مقایسه شده با توالیهای پایگاه داده ref-seq genomic در سایت BLAST، با گیاهانی مانند آرابیدوپسیس، برنج، سورگوم و انگور سیاه بیشترین درصد شباهت را داشتند. باتوجه به عدم شباهت نتایج حاصل از نشانگر ITS با نتایج حاصل از تعداد قابل توجهی از صفات مورفولوژیک و شیمیایی، این تفاوت بین اکوتیپها قابل توجه نبود. در مجموع، نشانگر ITS2 برای بررسی تنوع ژنتیکی درون گونهای چندان مناسب به نظر نمیرسد و پیشنهاد میگردد از سایر نشانگرهای مولکولی برای بررسی تنوع ژنتیکی زیره سیاه استفاده گردد.
