گروه بندی ژنتیکی برخی از سویه های ریزوبیومی بومی خاکهای ایران با استفاده از تکنیک های 16S-23S IGS PCR-RFLP و پروفیل پلاسمیدی

نویسندگان

1 استادیار مرکز تحقیقات ملی ژنتیک و فن آوری های زیستی

2 استادیار گروه علوم خاک پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران

3 استاد دانشگاه لاوال کانادا

doi
10.22092/ijsr.2007.127027
چکیده

دربین پروکاریوتها مجموعه‎ایی از باکتریهای خاکزی که اصطلاحاً ریزوبیا نامیده می شوند به لحاظ توانایی‎درایجاد سیستم‎همزیستی تثبیت کننده نیتروژن مولکولی با گیاهان خانواده لگوم حائز اهمیت فراوانی می باشند. توالی بین دو قطعه 16S و 23S از مجموعه ژن های rDNA که اصطلاحاً 16S-23S IGS نامیده می‎شود از نظر اندازه وترتیب نوکلوتیدها بسیار متفاوت بوده و ابزار مفیدی برای گروه بندی سویه های ریزوبیومی می باشد. دراین مطالعه تعداد 52 سویه برتر ریزوبیومی که بعنوان عوامل محرک رشد گیاه (PGPR) شناخته شده‎اند، به طریق 16S-23S IGS PCR-RFLP و پروفیل‎ پلاسمیدی‎( روش اکهارت) وبا استفاده ازنرم‎افزار phylip version 3.6a3 گروه‎بندی شده‎اند. نتایج حاصله نشان می دهد که IGS سویه های ریزوبیومی مورد مطالعه از نظر اندازه بسیار متنوع (bp 1486-600) می باشند بعلاوه تعداد نسخه های IGS سویه های مختلف نیز یکسان نبوده واز یک تا سه نسخه متفاوت می باشد.  براساس روش 16S-23S IGS PCR-RFLP مجموع 52 سویه ریزوبیومی در 46 گروه مختلف قرار گرفته که افراد 11 گروه دارای 70% تشابه بین سویه‎ای می باشند. با استفاده از این روش بجز 12 سویه‎ی‎ 54Bj و Bj 53 و همچنین سویه‎های  28Rlv و 27Rlv ، سویه‎های 24Rlv و 23Rvl ، سویه‎های  17Rlp و 16Rlp همینطور سویه‎های 13Sm و 12Sm و 11Sm و 10Sm، مابقی‎سویه ها (77%) را کاملاً از یکدیگر تفکیک کرده است. بنابراین روش مذکور بدلیل ساد‎گی و نیازهای اندک آزمایشگاهی (نسبت به سایر روش‎های مولکولی) براحتی قابل انجام بوده و از کارآمدی و اطمینان بالایی نیز برخوردار است. گروه بندی مبتنی بر پروفیل پلاسمیدی سویه های مختلف ریزوبیومی مورد استفاده دراین تحقیق تا حدودی با نتایج حاصل از روش IGS PCR-RFLP هماهنگی دارد، به طور مثال سویه های 54Bj و 53Bj ، سویه های 24Rlv و 23Rlv ،  همچنین سویه های 17Rlp و 16Rlp و سویه های 13Sm و 12Sm و 11Sm درهردو روش بصورت کاملاً مشابه درکنار یکدیگرو درون گروههای کلاستری جداگانه ای قرار گرفته اند.