گروه بندی ژنتیکی برخی از سویه های ریزوبیومی بومی خاکهای ایران با استفاده از تکنیک های 16S-23S IGS PCR-RFLP و پروفیل پلاسمیدی
نویسندگان
1 استادیار مرکز تحقیقات ملی ژنتیک و فن آوری های زیستی
2 استادیار گروه علوم خاک پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران
3 استاد دانشگاه لاوال کانادا
doi
10.22092/ijsr.2007.127027چکیده
دربین پروکاریوتها مجموعهایی از باکتریهای خاکزی که اصطلاحاً ریزوبیا نامیده می شوند به لحاظ تواناییدرایجاد سیستمهمزیستی تثبیت کننده نیتروژن مولکولی با گیاهان خانواده لگوم حائز اهمیت فراوانی می باشند. توالی بین دو قطعه 16S و 23S از مجموعه ژن های rDNA که اصطلاحاً 16S-23S IGS نامیده میشود از نظر اندازه وترتیب نوکلوتیدها بسیار متفاوت بوده و ابزار مفیدی برای گروه بندی سویه های ریزوبیومی می باشد. دراین مطالعه تعداد 52 سویه برتر ریزوبیومی که بعنوان عوامل محرک رشد گیاه (PGPR) شناخته شدهاند، به طریق 16S-23S IGS PCR-RFLP و پروفیل پلاسمیدی( روش اکهارت) وبا استفاده ازنرمافزار phylip version 3.6a3 گروهبندی شدهاند. نتایج حاصله نشان می دهد که IGS سویه های ریزوبیومی مورد مطالعه از نظر اندازه بسیار متنوع (bp 1486-600) می باشند بعلاوه تعداد نسخه های IGS سویه های مختلف نیز یکسان نبوده واز یک تا سه نسخه متفاوت می باشد. براساس روش 16S-23S IGS PCR-RFLP مجموع 52 سویه ریزوبیومی در 46 گروه مختلف قرار گرفته که افراد 11 گروه دارای 70% تشابه بین سویهای می باشند. با استفاده از این روش بجز 12 سویهی 54Bj و Bj 53 و همچنین سویههای 28Rlv و 27Rlv ، سویههای 24Rlv و 23Rvl ، سویههای 17Rlp و 16Rlp همینطور سویههای 13Sm و 12Sm و 11Sm و 10Sm، مابقیسویه ها (77%) را کاملاً از یکدیگر تفکیک کرده است. بنابراین روش مذکور بدلیل سادگی و نیازهای اندک آزمایشگاهی (نسبت به سایر روشهای مولکولی) براحتی قابل انجام بوده و از کارآمدی و اطمینان بالایی نیز برخوردار است. گروه بندی مبتنی بر پروفیل پلاسمیدی سویه های مختلف ریزوبیومی مورد استفاده دراین تحقیق تا حدودی با نتایج حاصل از روش IGS PCR-RFLP هماهنگی دارد، به طور مثال سویه های 54Bj و 53Bj ، سویه های 24Rlv و 23Rlv ، همچنین سویه های 17Rlp و 16Rlp و سویه های 13Sm و 12Sm و 11Sm درهردو روش بصورت کاملاً مشابه درکنار یکدیگرو درون گروههای کلاستری جداگانه ای قرار گرفته اند.