بررسی میزان کارآیی روش Real-Time PCR با استفاده از دو راهکار رسم منحنی استاندارد و رگرسیون خطی
نویسندگان
1 استادیار گروه ایمونولوژی.گروه ایمونولوژی و مرکز تحقیقات سلولی و مولکولی، دانشکدة پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی جندیشاپور اهواز، ایران.
2 دانشجوی کارشناس ارشد گروه ایمونولوژی.گروه ایمونولوژی، دانشکدة پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی جندیشاپور اهواز، ایران.
3 دانشیار گروه ایمونولوژی.گروه ایمونولوژی، دانشکدة پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی جندیشاپور اهواز، ایران.
4 استادیار گروه ژنتیک پزشکی.گروه ژنتیک پزشکی و مرکز تحقیقات سلولی و مولکولی، دانشکدة پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی جندیشاپور اهواز، ایران.
doi
چکیده
زمینه و هدف: آنالیز کمّیmRNA با استفاده از Real-Time PCR بهوسیله روش سایبرگرین بهطور وسیعی در مطالعات بیولوژیک کاربرد بسیاری پیدا کرده است. هدف این تحقیق مقایسة کارآییPCR محاسبه شده با استفاده از دو روش شیب خط نمودار استاندارد و نرمافزارLinRegPCR جهت تعیین استراتژی بهتر برای محاسبة کارآیی PCR میباشد. روش بررسی: در این پژوهش پس از خونگیری و استخراج RNA و سنتز cDNAفرآیند qRT-PCR انجام شد.سپس محاسبة PCR Efficiency به دو روش رسم منحنی استاندارد و همچنین با استفاده از نرمافزارLinReg PCR انجام گرفت و در نهایت این دو روش آنالیز با هم مقایسه شدند. یافتهها: میزان کارآیی PCR محاسبه شده برای سه ژنGAPDH، TGF βو IL-10 با روش منحنی استاندارد بهترتیب 99/1، 81/1 و 87/1 و همچنین با روش استفاده از نرمافزار رایانهای LinReg PCR کارآیی این سه ژن بهترتیب 98/1، 82/1 و82/1 بهدست آمد. نتیجهگیری: نتایج این تحقیق نشان میدهد که در آنالیز دادههای حاصل از تکثیر cDNA میزان کارآییPCR بهدست آمده برای سه ژن GAPDH، TGF β و IL-10با دو روش مختلف منحنی استاندارد و LineRegPCR نتایج تقریباً یکسانی حاصل میشود. بنابراین، توصیه میشود که بهجای روش پرهزینه منحنی استاندارد از نرمافزار LinReg PCR استفاده گردد.