بررسی میزان کارآیی روش Real-Time PCR با استفاده از دو راهکار رسم منحنی استاندارد و رگرسیون خطی

نویسندگان

1 استادیار گروه ایمونولوژی.گروه ایمونولوژی و مرکز تحقیقات سلولی و مولکولی، دانشکدة پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی جندی‌شاپور اهواز، ایران.

2 دانشجوی کارشناس ارشد گروه ایمونولوژی.گروه ایمونولوژی، دانشکدة پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی جندی‌شاپور اهواز، ایران.

3 دانشیار گروه ایمونولوژی.گروه ایمونولوژی، دانشکدة پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی جندی‌شاپور اهواز، ایران.

4 استادیار گروه ژنتیک پزشکی.گروه ژنتیک پزشکی و مرکز تحقیقات سلولی و مولکولی، دانشکدة پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی جندی‌شاپور اهواز، ایران.

doi
چکیده

زمینه و هدف: آنالیز کمّیmRNA  با استفاده از Real-Time PCR  به­وسیله روش سایبرگرین به­طور وسیعی در مطالعات بیولوژیک کاربرد  بسیاری پیدا کرده است. هدف این تحقیق مقایسة کارآییPCR  محاسبه شده با استفاده از دو روش شیب خط نمودار استاندارد و نرم­افزارLinRegPCR  جهت تعیین استراتژی بهتر برای محاسبة کارآیی PCR می­باشد. روش بررسی: در این پژوهش پس از خون­گیری و استخراج RNA و سنتز cDNAفرآیند  qRT-PCR انجام شد.سپس محاسبة PCR Efficiency به دو روش رسم منحنی استاندارد و همچنین با استفاده از نرم­افزارLinReg PCR انجام گرفت و در نهایت این دو روش آنالیز با هم مقایسه شدند. یافته­ها: میزان کارآیی PCR محاسبه شده برای سه ژنGAPDH، TGF βو IL-10 با روش منحنی استاندارد به­ترتیب 99/1، 81/1 و 87/1 و همچنین با روش استفاده از نرم­افزار رایانه­ای LinReg PCR کارآیی این سه ژن به­ترتیب 98/1، 82/1 و82/1 به­دست آمد. نتیجه­گیری: نتایج این تحقیق نشان می­دهد که در آنالیز داده­های حاصل از تکثیر cDNA میزان کارآییPCR  به­دست آمده برای سه ژن GAPDH، TGF β و  IL-10با دو روش مختلف منحنی استاندارد و LineRegPCR نتایج تقریباً یکسانی حاصل می­شود. بنابراین، توصیه می­شود که به­جای روش پرهزینه منحنی استاندارد از نرم­افزار LinReg PCR استفاده گردد.