فهرست نشریات علمی دسترسی آزاد ایران

ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه‌فرنگی (Tomato yellow leaf curl virus; Begomovirus coheni) یکی از مخرب‌ترین ویروس‌های گیاهی است که با ایجاد خسارت‌های شدید در مزارع گوجه‌فرنگی، در میان ده ویروس مهم گیاهی جهان قرار گرفته است. در این مطالعه به‌منظور ردیابی و بررسی تنوع این ویروس، نمونه‌برداری از گیاهان مشکوک به آلودگی ویروسی در برخی مزارع گوجه‌فرنگی مناطق اصفهان، یزد و ورامین انجام شد. پس از استخراج DNA کل از بافت برگ، ردیابی با واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) توسط جفت ‌آغازگرهای اختصاصی ژن V1 ویروس انجام شد. طی واکنش زنجیره‌ای پلیمراز، قطعه‌ای به طول تقریبی ۶۷۰ جفت باز در 12 نمونه مشکوک تکثیر شد که نهایتاً هفت جدایه توالی‌یابی شدند. توالی‌های حاصل با توالی‌های موجود در پایگاه داده NCBI هم‌ردیف‌سازی شده و تجزیه و تحلیل‌های تبارزایی با استفاده از روش‌های Neighbor-Joining، در نرم افزار MEGA 11 انجام شد. براساس نتایج تجزیه و تحلیل‌های تبارزایی برخی از جدایه‌های منتخب ایرانی در دو گروه متمایز همراه با برخی از جدایه‌ها از سایر مناطق دنیا در شاخه 1 طبقه‌بندی شدند. تحلیل شبکه هاپلوتیپی نیز این گروه‌بندی‌ها را تأئید کرد. علاوه بر این، بررسی دقیق جایگاه تبارزایی و تعیین نوع سویه جدایه‌های تازه شناسایی‌شده نشان داد که تمامی این جدایه‌ها درون خوشه TYLCV-OM قرار دارند که بیانگر نزدیکی ژنتیکی و منشأ تکاملی مشترک آن‌هاست. این الگو، فرضیه تعلق این جدایه‌ها به یک استرین منطقه‌ای متمایز و سازگار با شرایط محیطی خاص مناطق مرکزی ایران را تقویت می‌کند. تجزیه و تحلیل تنوع ژنتیکی نشان‌دهنده تفاوت معنا‌دار بین جمعیت‌های مناطق مورد بررسی بود. افزون بر آن، آزمون‌های خنثی بودنTajima’s D ، Fu and Li’s D و F و سایر آنالیزهای جمعیتی و مولکولی شواهدی از انتخاب خالص‌سازی و گسترش اخیر جمعیت ارائه کردند. همچنین، در بین جدایه‌های مورد بررسی یک رویداد نوترکیبی معنادار با استفاده از نرم‌افزار RDP4 شناسایی شد و آزمون‌های فشار انتخابی با روش‌های FEL و MEME  نشان دادند که تعدادی از کدون‌ها تحت فشار انتخابی مثبت یا منفی قرار دارند. این یافته‌ها تصویری جامع از تنوع ژنتیکی و پویایی تکاملی TYLCV در مناطق مرکزی (اصفهان و یزد و ورامین) ایران ارائه می‌دهد که می‌تواند در تدوین راهبردهای مدیریتی مؤثر برای کنترل بیماری در سطح منطقه‌ای مفید باشد.