بررسی تفاوت بیان ژن RASGRP3 در پاسخ پرنده به آنفلوانزا نسبت به پرندهی سالم با استفاده از آنالیز دادههای بیان ژن و PCR کمی
نویسندگان
1 دانش آموخته دکترای تخصص ژنتیک و اصلاح نژاد دام، دانشکده علوم دامی و شیلات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران
2 استاد گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی و شیلات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران
3 دانشیار، پژوهشکده بیوتکنولوژی، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران
4 کارشناس ارشد سازمان دامپزشکی ایران، تهران، ایران
doi
10.22055/ivj.2019.136126.2048چکیده
ژن RASGRP3 یکی از ژنهایی است که اثرگذاری آن بر پیامد آلودگی آنفلوانزا در میزبان بسیار محتمل است. این ژن پاسخ التهابی را کاهش داده و در واقع آستانهای برای ممانعت از پاسخ التهابی شدید که منجر به آسیب بافتهای میزبان میشود، تنظیم مینماید. به منظور بررسی دخالت این ژن در پاسخ میزبان به آنفلوانزا از آنالیز دادههای ترنسکریپتوم موجود در پایگاههای دادهای و سپس PCR کمی استفاده نمودیم. در این راستا از سه مطالعهی مرتبط با بیان ژنهای میزبان در پاسخ به آنفلوانزا استفاده شد تا تغییرات بیان ژن مورد نظر در حالت آلودگی نسبت به حالت سلامت، مورد بررسی قرار گیرد. سپس بر روی نمونههای آلوده شده با سویهی H5N1، PCR کمی انجام گردید. آنالیز دادههای ترنسکریپتوم در نرمافزار R و با استفاده از پکیج MetaDE و روش آماری Fisher، تفاوت بیان ژن RASGRP3 را با احتمال بسیار بالا تأیید نمود. نتایج Real-time PCR نشان داد که این ژن در پاسخ به سویهی H5N1 به طور معنیداری کاهش بیان یافت. این نتایج نشان میدهد ژن RASGRP3 از ژنهای کاندید قوی در مکانیزم تنظیمی پاسخ میزبان به آنفلوانزاست که میتواند با دخالت در مکانیزم دفاعی میزبان منجر به تنظیم شدت پاسخ به آلودگی شده و بر پیامد آلودگی و بقای پرنده پس از جدال با ویروس اثر بگذارد.