شناسایی ژن های اختصاصی کارسینوم سلول کلیوی و تایید آزمایشگاهی بیان آن ها در رده سلولی ACHN در حضور توکسین seh باکتری استافیلوکوکوس اورئوس

نویسندگان

1 دانشجوی دکتری گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، واحد شهرکرد، دانشگاه آزاد اسلامی، شهرکرد، ایران

2 دانشیار مرکز تحقیقات بیوتکنولوژی، واحد شهرکرد، دانشگاه آزاد اسلامی، شهرکرد، ایران

3 استادیار گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، واحد شهرکرد، دانشگاه آزاد اسلامی، شهرکرد، ایران

doi
10.22034/pjms.2022.700535
چکیده

مقدمه: کارسینوم سلول کلیوی (RCC) شایع ­ترین نوع سرطان کلیه در بزرگسالان است. هدف از مطالعه حاضر، دستیابی به ژن های اختصاصی در RCC، بر­اساس مطالعات بیوانفورماتیک و ارزیابی تغییر بیان ژن­ های شناسایی شده در سلول­ های ACHN پس از ترانسفکت ژن توکسین seh باکتری استافیلوکوکوس اورئوس بود.روش کار: ابتدا همبستگی­ های بیانی ژن­ های دخیل در RCC در پایگاه داده TCGA مورد بررسی قرار گرفت و شبکه تعاملات ژن­ ها ساخته شد. به منظور تایید تعاملات ژنی شناسایی شده، مطالعات آزمایشگاهی در مدل سلولی ACHN انجام شد. برای این کار، ژن توکسین استافیلوکوکی seh در وکتور(+)pcDNA3.1 کلون شد و درون سلول­ های ACHN ترانسفکت شد. پس از تایید عملکرد صحیح وکتور نوترکیب در این سلول­ ها و القای آپوپتوز، بیان ژن ­های منتخب به روش RT- PCR ارزیابی شد. یافته ­ها: همبستگی ­های بیانی ژن­ های دخیل در آپوپتوز توسط مطالعات in silico شناسایی و شبکه تعامل lncRNA-mRNA در RCC با موفقیت ایجاد شد. همچنین القای آپوپتوز تحت تاثیر بیان توکسین توسط فلوسیتومتری تایید شد. بیان ژن­ های SOX9، SBF2/AS1، MAF و c-Maf در سلول­ های دستورزی شده با وکتور نوترکیب نسبت در مقایسه با سلول­ های شاهد، به صورت معناداری کمتر بود. همچنین، افزایش بیان ژن­ های LINC00671 و LINC02499 در سلول­ های تراسنفکت شده با وکتور pcDNA3.1(+)-seh در مقایسه با گروه شاهد مشاهده شد (p< 0.05) و این تغییر بیان تاییدی بر شناسایی دقیق ژن­ های درگیر در آپوپتوز سلولی RCC بود.نتیجه ­گیری: نتایج به دست آمده نشان می ­دهد که شبکه ­های ژنی شناسایی شده در این مطالعه می ­توانند چشم انداز تازه ای برای پژوهش ها با هدف تعیین مسیر­های مولکولی جدید و درمان RCC فراهم کند.