شناسایی ژن های اختصاصی کارسینوم سلول کلیوی و تایید آزمایشگاهی بیان آن ها در رده سلولی ACHN در حضور توکسین seh باکتری استافیلوکوکوس اورئوس
نویسندگان
1 دانشجوی دکتری گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، واحد شهرکرد، دانشگاه آزاد اسلامی، شهرکرد، ایران
2 دانشیار مرکز تحقیقات بیوتکنولوژی، واحد شهرکرد، دانشگاه آزاد اسلامی، شهرکرد، ایران
3 استادیار گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، واحد شهرکرد، دانشگاه آزاد اسلامی، شهرکرد، ایران
doi
10.22034/pjms.2022.700535چکیده
مقدمه: کارسینوم سلول کلیوی (RCC) شایع ترین نوع سرطان کلیه در بزرگسالان است. هدف از مطالعه حاضر، دستیابی به ژن های اختصاصی در RCC، براساس مطالعات بیوانفورماتیک و ارزیابی تغییر بیان ژن های شناسایی شده در سلول های ACHN پس از ترانسفکت ژن توکسین seh باکتری استافیلوکوکوس اورئوس بود.روش کار: ابتدا همبستگی های بیانی ژن های دخیل در RCC در پایگاه داده TCGA مورد بررسی قرار گرفت و شبکه تعاملات ژن ها ساخته شد. به منظور تایید تعاملات ژنی شناسایی شده، مطالعات آزمایشگاهی در مدل سلولی ACHN انجام شد. برای این کار، ژن توکسین استافیلوکوکی seh در وکتور(+)pcDNA3.1 کلون شد و درون سلول های ACHN ترانسفکت شد. پس از تایید عملکرد صحیح وکتور نوترکیب در این سلول ها و القای آپوپتوز، بیان ژن های منتخب به روش RT- PCR ارزیابی شد. یافته ها: همبستگی های بیانی ژن های دخیل در آپوپتوز توسط مطالعات in silico شناسایی و شبکه تعامل lncRNA-mRNA در RCC با موفقیت ایجاد شد. همچنین القای آپوپتوز تحت تاثیر بیان توکسین توسط فلوسیتومتری تایید شد. بیان ژن های SOX9، SBF2/AS1، MAF و c-Maf در سلول های دستورزی شده با وکتور نوترکیب نسبت در مقایسه با سلول های شاهد، به صورت معناداری کمتر بود. همچنین، افزایش بیان ژن های LINC00671 و LINC02499 در سلول های تراسنفکت شده با وکتور pcDNA3.1(+)-seh در مقایسه با گروه شاهد مشاهده شد (p< 0.05) و این تغییر بیان تاییدی بر شناسایی دقیق ژن های درگیر در آپوپتوز سلولی RCC بود.نتیجه گیری: نتایج به دست آمده نشان می دهد که شبکه های ژنی شناسایی شده در این مطالعه می توانند چشم انداز تازه ای برای پژوهش ها با هدف تعیین مسیرهای مولکولی جدید و درمان RCC فراهم کند.