آنالیز ژنوم کلروپلاستی دو گونه دیپلوئید B. oleracea و B. rapa و دو گونه تتراپلوئید B. napus و B. juncea خانواده شببویان (Brassicaceae) با استفاده از روشهای بیوانفورماتیکی
نویسندگان
1 بخش تحقیقات علوم زراعی و باغی، مركز تحقیقات و آموزش كشاورزی و منابع طبیعي آذربایجان غربی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج كشاورزی، ارومیه، ایران
2 بخش تحقیقات علوم زراعی و باغی، مركز تحقيقات و آموزش كشاورزي و منابع طبيعي آذربايجان غربي، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، ارومیه، ایران
doi
چکیده
امروزه، محبوبیت جنس براسیکا به دلیل ارزش غذایی و اثرات دارویی آن در حال افزایش است. این گروه شامل تعداد زیادی از غذاهای گیاهی مانند کلم، کلم بروکلی، گل کلم، خردل و همچنین دانههای روغنی کلزا است. در مطالعه حاضر، ژنوم کامل DNA کلروپلاست دو نوع دیپلوئید خانواده شببو B. oleracea (C, n=9) و B. rapa (A, n=10) با دو نوع آلوتتراپلوئید B. napus (AC, n=19) و B. juncea (AB, n=18) مطالعه و ارزیابی شد. نتایج نشان داد در بین گونههای انتخاب شده، گونه B. napus با 152860 جفت باز دارای کوتاهترین طول نوکلئوتیدی بوده و دو گونه B. rapa و B. juncea هرکدام با 153483 جفت باز دارای طول مساوی بوده و طول توالی نوکلئوتیدی در گونه B. oleracea برابر 153364 جفت باز میباشد. در بررسی نواحی کد کننده هر چهار ژنوم، مشخص شد که گونه B. napus با 79715 جفت باز در ناحیه CDS دارای کوتاهترین طول توالی در این ناحیه و دو گونه B. rapa و B. juncea هر کدام با 80463 جفت باز در ناحیه CDS دارای طول بازی مساوی بوده و در مورد B. oleracea طول این ناحیه برابر 80559 جفت باز میباشد. نواحی غیر کد کننده اینترونی در گونه B. rapa با بیشترینترین طول (30197 جفت باز) که فقط دو جفت باز با B. juncea (30195 جفت باز) اختلاف دارد. طول این ناحیه در B. oleracea برابر 30178 جفت باز بوده و گونه B. napus با 298660 جفت باز دارای کوتاهترین طول میباشد.