مطالعه بیوانفورماتیک و روابط فیلوژنتیک جدایه‌های ایرانی باکتری باسیلوس تورینجینسیس با استفاده از توالی ژن SrDNA16 16

نویسندگان

1 تنوع زیستی، پژوهشکده علوم محیطی، پژوهشگاه علوم و تکنولوژی پیشرفته و علوم محیطی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته، کرمان

2 گروه بیوتکنولوژی، پژوهشکده علوم محیطی، پژوهشگاه علوم و تکنولوژی پیشرفته و علوم محیطی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته،

doi
10.30495/jmw.2022.1959243.2021
چکیده

سابقه و هدف: باکتری گرم مثبت باسیلوس تورینجینسیس بلور‌های پروتین‌ با خاصیت حشره‌کشی تولید ‌می‌کند. تحلیل توالی‌های کوچک ژنrDNA برای مطالعه تکامل و رده‌بندی موجودات زنده به‌کار‌ می‌رود. این مطالعه با استفاده از تکنیک واکنش زنجیره‌ای پلیمراز ‌روی توالی S Rdna 16 از پنج جدایه‌ بومی باسیلوس تورینجینسیس انجام‌ شد. مواد و روشها: بررسی ویژگی‌ها و روابط فیلوژنتیک میان پنج توالی جدایه‌های بومی همراه با جدایه‌های دیگر موجود در بانک ژن و سایر گونه‌های جنس باسیلوس، با نرم‌افزار مسکوئیت و پایگاه leBIBIQBPP انجام‌ شد. یافتهها: پنج جدایه بومی به میزان 92/06 تا 99/93 درصد با یکدیگر و به میزان 99/73 تا ۱۰۰ درصد با سایر جدایه‌های باسیلوس تورینجینسیس شباهت داشتند. درخت فیلوژنتیک نشان ‌داد Bt 1019،Bt 1020 وBt 1039 در گروه اول وBt 1001 وBt 1091 در گروه دوم قرار‌گرفتند. بر اساس تحلیل توالیBt 1001 با کمک leBIBIQBPP، کمترین فاصله با با‌سیلوس فریگوریتولرانس بدست ‌آمد، همچنین توالیBt 1091 نیز بیشترین شباهت را با باکتری مذکور نشان‌ داد. توالی باسیلوس آنتراسیس به Bt 1019 نزدیک بود. توالیBt 1020 بیشترین نزدیکی را با باسیلوس سرئوس داشت. در مورد Bt 1039 علاوه بر باسیلوس سرئوس، کمترین فاصله با باسیلوس مارکورستینکتوم مشاهده ‌شد. نتیجهگیری: بلور‌های پروتینی در باکتری‌های بومی مشاهده ‌شدند. بلاست توالی ژن S rDNA 16 در جدایه‌های بومی بیشترین شباهت را به جدایه‌های باسیلوس تورینجینسیس موجود در بانک ژن نشان ‌داد. همچنین به دلیل استخراج بلورهای سم از جدایه ها، نتایج پیش‌بینی‌ کرد سه جدایه بومی Bt 1019،Bt 1020 وBt 1039 علیه آفات بالپولکداران و دو جدایهBt 1001 وBt 1091 علیه آفات سخت‌ بالپوش می‌توانند موثر و سمی باشند.