بهینه سازی روش پی سی آر آشیانه ای در ردیابی باکتری سخت کشت Xylella fastidiosa

نویسندگان

1 دانشجوی دکتری، گروه گیاه¬پزشکی، واحد علوم و تحقیقات تهران، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران

2 دانشیار، بخش بیماری‌های گیاهی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، مؤسسه تحقیقات گیاه‌پزشکی کشور، تهران، ایران

3 دانشیار، گروه گیاه¬پزشکی، واحد علوم و تحقیقات تهران، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران

4 استاد، گروه گیاه‌پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران

doi
چکیده

باکتری Xylella fastidiosa ، گونه ای سخت­کشت و محدود به آوند چوبی و عامل بروز بیماری­های جدی در گیاهان مختلف می­باشد. تاکنون، اپیدمی­های وسیع و ریشه­کن کننده در نقاط مختلف دنیا از این باکتری گزارش شده است. در دهه اخیر، علائم بیماری‌های ناشی از X. fastidiosa در برخی از مناطق ایران روی درختان میوه از جمله بادام و انگور مشاهده شده است. میزان حساسیت، به صرفه بودن، مؤثر و قابل اعتماد بودن روش‌های ردیابی X. fastidiosa در گیاهان و حشرات ناقل به­ویژه در گیاهان چند ساله مانند انگور و پسته که جمعیت باکتری در آن­ها کم است، از نظر قرنطینه و مدیریت بیماری بسیار ضروری است. علیرغم دقت بالای ردیابی به روش PCR روی یاخته‌های کشت شده، کشت باکتری X. fastidiosa بسیار پر­هزینه، زمان­بر و با درصد موفقیت پایین گزارش شده است. بنابراین، به منظور بهینه­سازی روشی سریع، کم هزینه و با دقت برای ردیابی باکتری سخت­رشد آوندی X. fastidiosa به­طور مستقیم از گیاه میزبان ، PCR آشیانه­ای دو مرحله‌ای، برای تکثیر ژنRNA polymerase gene 70S sigma  طراحی شد. طبق نتایج به­دست آمده از این روش، از 2% کل نمونه­های استخراج یافته، به 7% در نمونه­های استخراج یافته بهبود یافت. بنابراین، استفاده از روش PCR آشیانه­ای می­تواند روش جایگزین سریع، به­صرفه و مؤثر برای ردیابی مستقیم این باکتری از میزبان باشد.