فهرست نشریات علمی دسترسی آزاد ایران

ویروس سندرم لکه سفید(WSSV)، به عنوان یکی از شایع‌ترین و کشنده‌ترین پاتوژن‌ها در جمعیت میگو در سطح جهان ظاهر شده است. این ویروس با اتصال به سطح سلول‌های میگو از طریق پروتئین VP28 می‌تواند وارد بدن شده و باعث بروز عفونت شود. در این مطالعه به منظور شناسایی پپتیدهای ضد ویروسی مهارکننده پروتئین VP28، 39 پپتید ضد ویروس از سرور CAMPR3 استخراج شد. مطالعه حاضر با بررسی مجدد آنتی‌میکروب (AMP) بودن هر یک از پپتیدها توسط سرور Peptide Scanner شروع و با ارزیابی ویژگی‌های فیزیکوشیمیایی، حلالیت، آلرژنیک بودن و همچنین سمیت پپتیدهای ضد ویروسی به ترتیب توسط سرورهای ProtParam ، ProteinSol AllerTOP، ToxinPred پیش رفت. در ادامه ساختار سوم پپتیدهای غربال شده از مراحل قبل که شامل Ginkbilobi، Circulin-F، Cycloviolin-A، Cycloviolin-D، Circulin-C، Kalata-B8 و Antiviral protein Y3 هستند، توسط سرور I-TASSER پیش‌بینی شد. نتایج فرایند داکینگ مولکولی نشان داد که پپتیدهای مذکور به ترتیب 4، 1، 2، 0، 1، 4 و 10 پیوند هیدوژنی با پروتئین VP28 تشکیل داده‌اند. این درحالی است که هریک از آن‌ها به ترتیب دارای 50/25، 38/41، 71/38، 67/36، 33/33، 13/16 و 08/36 درصد اسید آمینه آبگریز هستند. در نهایت، با توجه به نتایج پپتید Antiviral protein Y3 را می‌توان به عنوان اولین انتخاب و پس از آن نیز پپتیدهای Ginkbilobin و Kalata-B8 را به عنوان مناسب‌‌ترین و امیدوارکننده‌ترین گزینه‌ها درنظر گرفت. بنابراین پپتیدهای مذکور را بعد از انجام مطالعات دینامیک مولکولی می‌توان برای بکارگیری در مطالعات in vitro و in vivo روی مهار ورود WSSV به میزبان میگو و سپس جلوگیری از بروز عفونت توسط این ویروس پیشنهاد داد.