شناسایی ژنهای کلیدی و مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با کم باروری در گاو (Bos Taurus): یک مطالعه بیوانفورماتیک
نویسندگان
1 گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، خرم آباد، ایران
2 3. گروه علوم دام، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، خرم آباد، ایران
doi
10.22092/vj.2023.363133.2078چکیده
کم باروری یک موضوع مهم در صنعت گاوهای شیری است که میتواند اقتصاد یک مزرعه را تحت الشعاع قرار دهد. بنابراین، بررسی پدیدههای بیولوژیکی که میتواند منجر به کم باروری شود، بسیار مهم است. مطالعه حاضر برای شناسایی ژنهای و مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با کم باروری طراحی شده است. به همین منظور، پروفایل بیان ژن آندومتر شامل 6 نمونه بارور و 5 نمونه نابارور گاو) (Bos Taurus از پایگاه داده GEO جمع آوری شد. ژنهای با بیان افتراقی نمونهها توسط نرم افزار آنلاین GEO2R غربالگری شدند. تجزیه و تحلیل برهمکنش پروتئین-پروتئین، تجزیه و تحلیل ماژول، تجزیه و تحلیل آنتولوژی ژن، تجزیه و تحلیل مسیرهای بیولوژیک و شناسایی ژنهای کلیدی با بیان بیان افتراقی توسط نرم افزارهای با ارجاع دهی بالا انجام شد. بر اساس نتایج مقایسه نمونههای بارور و نابارور، 169 ژن بهعنوان ژنهای با بیان افتراقی معرفی شدند که به ترتیب حاوی 53 و 116 ژن با بیان بالا و پایین بودند. علاوه بر این، نتایج تجزیه و تحلیل ماژول وجود چهار خوشه را تایید کرد که امتیاز آنها بین 8/2 و 3 بود. نتایج تجزیه و تحلیل غنیسازی آنتولوژی ژن نشان داد که ترشح انتقال دهندههای عصبی، فضای خارج سلولی، فعالیت استروئید دهیدروژناز، چرخه وزیکول سیناپسی به ترتیب معنادارترین فرآیند بیولوژیکی، محفظه سلولی، عملکرد مولکولی و مسیر KEGG، بودند. نتایج نشان داد که 5 ژن شامل SYT1، ITGAM، HABP2، CHGA و TAT، ژنهای کلیدی مرتبط با کم باروی هستند که میتوانند به عنوان نشانگرهای مولکولی مناسب در برنامههای اصلاحی و مدیرت تولید مثل گاوداریها معرفی شوند.