فهرست نشریات علمی دسترسی آزاد ایران

آبله گوسفندی یکی از شایع‌ترین بیماری‌ها در گوسفندان به شمار می‌رود. در حال حاضر درمان اختصاصی برای این بیماری ویروسی وجود ندارد. هدف از این پژوهش بررسی پپتید ضدمیکروبی CLF36 و نوع مهندسی شده این پپتید (CLFarm) بر روی پروتئین سطحی ویروس آبله گوسفندی P32 و رسپتورهای سلولی این پروتئین نظیر هپارین سولفات و UDP-N- استیل گلوکوزآمین بود. ساختار سوم P32 با استفاده از نرم‌افزارهایی چون I-TASSER انجام شد. برهمکنشها در یک محیط رایانه‌ای ایجاد شده با کمک ابزار بیوانفورماتیک همانند نرم افزارهای HDOCK به صورت استاتیک و با استفاده از Gromacs در بخش دینامیک مولکولی صورت گرفت. نتایج این مطالعه نشان داد اسیدآمینه‌های پپتید CLF36 درگیر در ایجاد پیوند هیدروژنی با P32 شامل D1، K5، V8، Q11، K9، R16، R22، K25، R27 و K34 و برای CLF36 arm شامل K5، K9، Q11، K13، R27، W30، Q31 و K35 می‌باشد. نتایج داکینگ نشان داد که پپتیدها به سه ناحیه‌ی اپی‌توپی EP1,4,8 در پروتئین P32 متصل شدند. اتصالات هیدروژنی بین CLF36 arm و دو رسپتور UDP-N- استیل گلوکزآمین و هپارین سولفات به ترتیب شامل Gln 11, Trp 30 و Trp 4, Trp 30, Gln 11, Arg 27 Cys 33 بود؛ در حالیکه اتصالات بینCLF36  با این دو رسپتور ضعیف گزارش شد. در بخش دینامیک مولکولی، گراف آنالیزهای RMSF و RMSD و Gyrate برای هر دو پپتید نوسانات کمی را نشان دادند که به دلیل جزئی بودن، نادیده گرفته شدند. نهایتا، نتایج نشان داد که هر دو پپتید عملکرد مناسبی را در مدت زمان 50 نانوثانیه در برابر P32 دارند.