فهرست نشریات علمی دسترسی آزاد ایران

استفاده بیش‌ازحد از آنتی‌بیوتیک‌ها برای درمان بیماری‌هایی مانند ورم پستان گاوهای شیری ناشی از اشرشیاکلای، منجر به ظهور باکتری‌های مقاوم شده است که تهدیدی برای سلامت عمومی قلمداد می‌شود. امروزه پپتیدهای ضدمیکروبی نظیر باکتریوسین‌ها به‌عنوان عوامل بالقوه ضدمیکروبی توجه بیشتری به خود جلب کرده‌اند؛ بنابراین بررسی پایداری و فعالیت ضدباکتریایی آن‌ها در شرایط بدن حیوان بسیار حائز اهمیت می‌باشد. لذا، باهدف بررسی پایداری حرارتی پپتید انتروسین P ن (P (EntP، ابتدا ساختار سوم EntP با استفاده از سرور I-TASSER پیش‌بینی شد. سپس، پایداری این ساختار در شرایط دینامیکی مولکولی مورد ارزیابی قرار گرفت. بدین منظور شبیه‌سازی با کمک نرم‌افزار GROMACS در مدت ‌زمان‌ ns 400 برای دمای طبیعی بدن گاوشیری (K°312) صورت گرفت. درنهایت منحنی RMSD مربوط به این پپتید در مقایسه با زمان، در طول خط سیر شبیه‌سازی رسم گردید. به‌منظور بررسی برهم‌کنش پپتید با پروتئین لیپوپلی‌ساکارید سطحی D (LptD از باکتری اشرشیاکلای مولد ورم پستان از سرور آنلاین ClusPro استفاده شد. در بخش آزمایشگاهی نیز حداقل غلظت مهارکنندگی (MIC) و حداقل غلظت کشندگی (MBC) براساس روش میکروبراث بر روی اشریشیاکلای برآورد گردید. براساس نتایج گزارش‌شده توسط سرور I-TASSER، بهترین ساختار پیش‌بینی‌شده‌ی پپتید EntP با ضریب اطمینان (C-score) برابر با 4/1 انتخاب شد. مقادیر گزارش‌شده توسط پلات‌های ERRAT و Verify3D نشان داد که ساختار سوم پیش‌بینی‌شده برای پپتید EntP رضایت‌بخش است. گراف RMSD مربوط به بررسی پایداری حرارتی EntP در دمای بدن گاو نشان داد که ساختار پپتید EntP پس از مدت ns 400 دارای خط سیر شبیه‌سازی پایدار است. نتایج مربوط به داکینگ مولکولی نیز نشان داد این پپتید به آنتی‌ژن LptD در موقعیت مناسب متصل می‌شود. میزان حداقل غلظت بازدارندگی (MIC) و حداقل غلظت کشندگی (MBC) به ترتیب 25/48 و5/96 (μg/ml) برای باکتری اشرشیاکلای برآورد شدند. امید است در آینده بتوان از این پپتید به‌عنوان ترکیبی جایگزین آنتی‌بیوتیک یا در کنار آن به‌منظور درمان بیماری‌های دامی با منشا اشرشیاکلای استفاده کرد.