کاربرد سیستم تایپینگ MLVA 8 لوکوسی بر جدایههای بورکولدریا مالیای جمعآوری شده در ایران از سال 1391 تا 1399، به روزرسانی جدید
نویسندگان
1 موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی (تات)، کرج، ایران
2 دانشکده علوم تخصصی دامپزشکی، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران
3 موسسه تحقیقات واکسن و سرمسازی رازی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی (تات)، کرج، ایران
4 موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی (تات)، کرج، ایران
5 دانشکده علوم تخصصی دامپزشکی، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران
doi
10.22092/vj.2022.356486.1908چکیده
بورکولدریا مالیای با وجود سالهای طولانی اجرای برنامههای تست و کشتار توسط کشورهای منطقه، همچنان تکسمیان در خاورمیانه و خاور دور را آلوده مینماید. در ایران نیز گزارشات موردی مشمشه و به صورت نادر موارد عفونت انسان مشاهده میگردد. تکنیک لوکوسهای حامل واحدهای تکرار شونده پلیمرف در طول توانایی خود را در افتراق میان سویههای بورکولدریا مالیای ثابت نموده است. در مطالعه حاضر یک سیستم تایپینگ مولکولی سویه مشتمل بر 8 لوکوس گزارش میگردد. این سیستم به صورت آزمایشگاهی بر روی 6 جدایه بومی معرف جدیدترین همهگیریهای مشمشه در ایران و یک سویه بورکولدریا مالیای اجرا گردید. علاوه بر این مجموعهای از ژنوم 20 سویه مرجع بورکولدریا مالیای و 2 سویه بورکولدریا سودومالیای اخذ شده از بانکهای اطلاعاتی Pubmed نیز در مطالعه وارد و به صورت رایانهای مورد ارزیابی قرار گرفتند. آللهای شناسایی شده از فقط 1 مورد (لوکوس 41) تا 10 مورد (لوکوس 13) متفاوت و مقادیر Nei’s diversity index نیز از 0.53 تا 0.89 تعیین گردید. در مجموع 27 جدایه تحت آزمایش توسط سیستم تایپینگ مورد استفاده در 25 تیپ ژنتیکی و 7 جدایه و سویه ایران در 6 تیپ ژنتیکی دستهبندی شدند. نویسندگان معتقدند تا زمان اقتصادی شدن بسترهای تعیین توالی کامل ژنوم در آزمایشگاههای با بودجه محدود در کشورهای در حال توسعه، نسخههای بهینه MLVA نظیر آنچه در این مطالعه شرح داده شده است، میتوانند در پیشبرد تحقیقات همهگیرشناسی بورکولدریا مالیای و آشکارسازی ارتباطات میان جدایههای آن در مقیاس محلی، منطقهای و جهانی به خوبی موثر باشند.