شناسایی محاسباتی فاکتورهای تنظیمی مؤثر در بیماری برونشیت عفونی طیور با استفاده از داده‌های RNA-Seq

نویسندگان

1 دانش آموخته کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دام و طیور پردیس ابوریحان، دانشگاه تهران

2 دانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح دام، دانشکده علوم دامی و شیلات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری

doi
10.22034/vj.2017.109223
چکیده

بیماری برونشیت عفونی یکی از بیماری‌های ویروسی بسیار عفونی و شایع طیور می‌باشد. در این مطالعه به منظور درک بهتر شبکه تنظیمی درگیر در بیماری برونشیت عفونی، در ابتدا ژن های با بیان بالا و مشابه با استفاده از تجزیه و تحلیل داده‌های یک مطالعه RNA-Seq در چهار حالت متفاوت شامل مقایسه‌ی بافت طحال جوجه‌های مبتلا به برونشیت با جوجه‌های سالم با غلظت پایین سرم مانوز باند شده با لکتین در سن یک هفتگی و سه هفتگی و مقایسه‌ی بافت طحال جوجه‌های مبتلا به برونشیت با جوجه‌های سالم با غلظت بالای سرم مانوز باند شده با لکتین در سن یک هفتگی و سه هفتگی شناسایی شد. سپس توالی پروموتری این ژن‌ها جهت شناسایی فاکتور‌های رونویسی کاندید درگیر در این مکانسیم استخراج شد. نتایج تجزیه و تحلیل پروموتری با استفاده از نرم‌افزار Genomatix منجر به شناسایی 61 فاکتور رونویسی کاندید جدید احتمالی مؤثر در مراحل تنظیمی برونشیت عفونی گردید. افزون بر این، به منظور مصورسازی شبکه‌های تنظیمی شامل فاکتورهای رونوویسی که ژن‌های مورد نظر را تنظیم می‌کنند از نرم‌افزار Cytoscape استفاده شد. بر اساس نتایج، 61 فاکتور رونویسی کاندید جدید معرفی شده در این مطالعه دارای پتانسیل مناسبی برای بررسی بیشتر در سطح آزمایشگاهی می‌باشند و می‌توانند اطلاعات جدیدی را در درک بهتر شبکه‌ی تنظیمی مؤثر در بیمار برونشیت عفونی طیور فراهم کنند.

کلیدواژه‌ها