بررسی محاسباتی ژن های خانه دار در افتراق مایکوباکتریوم های غیر سلی
نویسندگان
1 گروه میکروب شناسی و ویروس شناسی، دانشکده پزشکی ، دانشگاه علوم پزشکی مشهد، مشهد ، ایران
2 گروه میکروبشناسی، دانشکدة پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی تهران، تهران، ایران
3 گروه میکروبشناسی، دانشکدة پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی زاهدان، زاهدان، ایران
doi
چکیده
زمینه و هدف:مایکوباکتریوم های غیر سلی باکتری های اسید فاستی هستند که در منابع محیطی از قبیل: آب، خاک، گرد و غبار، شیر و سبزیجات در حال فساد زندگی میکنند. براساس طبقه بندی رانیون این باکتری ها به دو دسته مایکوباکتریوم های تند رشد و سخت رشد تقسیم بندی می شوند که هر دو گروه آنها از نمونه های بالینی جدا می شوند. هدف از این مطالعه ارزیابی سه ژن خانه دار در شناسایی افتراق مایکوباکتریوم های غیر سلی بود.روش کار:در این مطالعه توالی ژن های 16SrRNA، rpoBو hsp65بیست و دو مایکوباکتریوم تند رشد و سخت رشد از بانک ژنی (آدرس: www.ncbi.nlm.nih.gov) دریافت شد. سپس هر یک از این توالی ها هم ردیف شدند و به نرم افزار MEGA5 انتقال داده شدند. در نهایت درخت فیلوژنتیک براساس هر یک از ژن های 16SrRNA، rpoBو hsp65با استفاده از روش Neighbor-joiningو مدل Kimura 2-Parameterرسم شد.یافته ها و بحث:تجزیه و تحلیل روابط فیلژنتیک بر اساس توالی ژن های 16SrRNA، rpoBو hsp65نشان داد که به جز ژن rpoBمابقی ژن ها نتوانستند برخی گونه های مایکوباکتریومی را تشخیص و تفریق دهند. همچنین دریافتیم که ژن rpoBبهترین گزینه برای شناسایی مایکوباکتریوم های سریع الرشد و کند رشد می باشد.با توجه به مشاهدات این مطالعه به نظر می رسد که به منظور شناسایی اختصاصی و صحیح مایکوباکتریوم های غیر سلی می بایست ژن های rpoB و hsp65 به طور همزمان مطالعه شود.