بررسی توالی‌هاي نوکلئوتیدی و اسید‌آمینه‌ای آنزیم اِنهانسین در باکولوویروس‌ها

نویسندگان

1 گروه بیوتکنولوژی، پژوهشکده علوم محیطی، پژوهشگاه علوم و تکنولوژی پیشرفته و علوم محیطی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته،

2 تنوع زیستی، پژوهشکده علوم محیطی، پژوهشگاه علوم و تکنولوژی پیشرفته و علوم محیطی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته، کرمان

doi
10.30495/jmw.2023.1981569.2055
چکیده

سابقه و هدف: يكي از گروه‌های ژنی مهم كه در برخی از باکولوویروس‌های بیمارگر حشرات حفاظت‌شده‌اند، ژن‌های ̗انهانسین هستند. در تحقیق حاضر، توالی‌های نوکلئوتیدی و پروتئینی انهانسین و روابط فیلوژنتیک میان آن‌ها همراه با تجزیه‌و‌تحلیل کدونی توالی‌های نوکلئوتیدی و نواحی حفاظت‌شده با استفاده از پایگاه‌های محاسباتی بررسی‌شد. مواد و روش‌ها: شصت و هفت توالي‌ نوکلئوتیدی و اسید‌آمینه‌ای مربوط به ژن ̗انهانسین از بانک‌ژن استخراج و برای رسم درخت فیلوژنتیکی بر مبنای روش حداکثر احتمال استفاده‌شد. توالی‌های نوکلئوتیدی مربوط به نُه ژن منتخب برای بررسی فراوانی کدون‌ها انتخاب و از پایگاه سکوئنس مانیپیولیشن سوئیت استخراج ‌شدند. برای مشاهده نواحی حفاظت‌شده در توالی‌های اسید‌آمینه‌ای‌ از سایت موتیف‌سرچ استفاده شد. یافته‌ها: درخت رسم‌شده بر اساس توالی‌های نوکلئوتیدی و اسید‌آمینه‌ای‌، به ترتيب دو و سه گروه اصلی را به نمایش‌گذاشت. توالي‌هاي آگروتیس سگتومگرانولوویروس، اپروفترا بروماتا نوکلئو‌پلی‌هدر‌ویروس و كوريستونورا فوميفرانا مالتيپل نوکلئو‌پلی‌هدرو‌ویروس هر كدام در گروه مجزاي خود قرار‌داشتند. در تمام نه توالی نوکلئوتیدی منتخب، کدون‌های فراوان‌تر شامل ATG و TGG بودند که به ترتیب مربوط به اسید‌‌آمینه‌های متیونین و تریپتوفان هستند. در توالی‌های اسید آمینه‌ای‌، توالی حفاظت‌شدة HEXXH مشخص‌شد. توالی‌های حفاظت نشدة متناظر HAISF، HCMAE، QTLGD، HQXXH و HVXXH در برخی مشاهده‌شدند. نتیجه‌گیری: از آنجا که تولید و ترشح هر چه بیشتر آنزیم انهنسين‌ می‌تواند برای افزایش فعالیت حشره‌کشی باکولوویروس‌ها استفاده شود و بصورت تجاری برای کنترل آفات بکار‌رود، مطالعات بیوانفورماتیک برای پیش‌بینی ویژگی‌های نوکلئوتیدی و اسید‌آمینه‌ای پروتئین‌های مذکور در این زمینه بویژه با تولید باکولوویروس‌های نو‌ترکیب می‌تواند بسیار راه‌گشا‌باشد.