گروه بندی ژنتیکی برخی از سویه های ریزوبیومی بومی خاکهای ایران با استفاده از تکنیک های 16S-23S IGS PCR-RFLP و پروفیل پلاسمیدی

نویسندگان
doi
10.22092/ijsr.2007.127027
چکیده

دربین پروکاریوتها مجموعه‎ایی از باکتریهای خاکزی که اصطلاحاً ریزوبیا نامیده می شوند به لحاظ توانایی‎درایجاد سیستم‎همزیستی تثبیت کننده نیتروژن مولکولی با گیاهان خانواده لگوم حائز اهمیت فراوانی می باشند. توالی بین دو قطعه 16S و 23S از مجموعه ژن های rDNA که اصطلاحاً 16S-23S IGS نامیده می‎شود از نظر اندازه وترتیب نوکلوتیدها بسیار متفاوت بوده و ابزار مفیدی برای گروه بندی سویه های ریزوبیومی می باشد. دراین مطالعه تعداد 52 سویه برتر ریزوبیومی که بعنوان عوامل محرک رشد گیاه (PGPR) شناخته شده‎اند، به طریق 16S-23S IGS PCR-RFLP و پروفیل‎ پلاسمیدی‎( روش اکهارت) وبا استفاده ازنرم‎افزار phylip version 3.6a3 گروه‎بندی شده‎اند. نتایج حاصله نشان می دهد که IGS سویه های ریزوبیومی مورد مطالعه از نظر اندازه بسیار متنوع (bp 1486-600) می باشند بعلاوه تعداد نسخه های IGS سویه های مختلف نیز یکسان نبوده واز یک تا سه نسخه متفاوت می باشد.  براساس روش 16S-23S IGS PCR-RFLP مجموع 52 سویه ریزوبیومی در 46 گروه مختلف قرار گرفته که افراد 11 گروه دارای 70% تشابه بین سویه‎ای می باشند. با استفاده از این روش بجز 12 سویه‎ی‎ 54 Bj و Bj 53 و همچنین سویه‎های  28 Rlv و 27 Rlv ، سویه‎های 24 Rlv و 23 Rvl ، سویه‎های 17 Rlp و 16 Rlp همینطور سویه‎های 13 Sm و 12 Sm و 11 Sm و 10 Sm ، مابقی‎سویه ها (77%) را کاملاً از یکدیگر تفکیک کرده است. بنابراین روش مذکور بدلیل ساد‎گی و نیازهای اندک آزمایشگاهی (نسبت به سایر روش‎های مولکولی) براحتی قابل انجام بوده و از کارآمدی و اطمینان بالایی نیز برخوردار است. گروه بندی مبتنی بر پروفیل پلاسمیدی سویه های مختلف ریزوبیومی مورد استفاده دراین تحقیق تا حدودی با نتایج حاصل از روش IGS PCR-RFLP هماهنگی دارد، به طور مثال سویه های 54 Bj و 53 Bj ، سویه های 24 Rlv و 23 Rlv ،  همچنین سویه های 17 Rlp و 16 Rlp و سویه های 13 Sm و 12 Sm و 11 Sm درهردو روش بصورت کاملاً مشابه درکنار یکدیگرو درون گروههای کلاستری جداگانه ای قرار گرفته اند.