فهرست نشریات علمی دسترسی آزاد ایران

پژوهش حاضر به­منظور بررسی مقایسه­ای پروفایل توام بیان ژن و الگوی بیان اختصاصی آللی (ASE) در سه بافت قلــب، عضـــله و طحـــال خروس­های پرورش­یافته و سازگار به مناطق کم ارتفاع و مرتفع مبتنی بر پایگاه­های داده­های RNA-Seq با دسترسی آزاد انجام شد. بدین منظور، مجموع داده­های ترانسکریپتوم برای 54 خروس در سه بافت مورد اشاره از راه هم­ردیفی و نقشه­یابی خوانش­های خام RNA-Seq روی توالی کل ژنوم مرجع مرغ اهلی با استفاده از نرم افزار TopHat2 مورد مطالعه قرار گرفت. همچنین، تجزیه و تحلیل بیان افتراقی ژن میان خروس­ها با استفاده از نرم افزار cufflinks،­2260 ژن دارای تفاوت بیان را در دو منطقه جغرافیایی نشان داد (0002/0 P =). شناسایی و یافتن چندشکلی­های تک نوکلئوتیدی (SNP) با استفاده از بسته نرم افزاریSamtools ، به فهرستی شامل تعداد 475996، 388224 و 1169394 SNP به­ترتیب در بافت­های قلب، عضله و طحال انجامید. پس از انجام آزمون کای اسکوئر، 48906 (3/10%)، 28529 (3/7%) و 76251 (5/6%) SNP به­عنوان  ASE-SNP در بافت­های قلب، عضله و طحال مشاهده شدند (05/0 P <). مقایسه پروفایل بیان ژن و ASE-SNPهای کشف شده در سویه­های سازگار با محیط­های پرورشی متفاوت از نظر ارتفاع می­توانند برای شناسایی جهش­های مقاومت در برابر بیماری­های مرتبط با پرورش در محیط­های مختلف مورد استفاده قرار گیرد. در مجموع، نتایج این مطالعه می­تواند روشی موثر و کارآمد و منبع جدید و مطلوبی را برای انتخاب، پیش­روی متخصصان اصلاح نژاد دام و طیور قرار دهد.