مطالعه پویش کل ژنوم بر پایه مدل هاپلوتیپ و تجزیه و تحلیل غنیسازی مجموعه-های ژنی مرتبط با سن اولین زایش در گاو نلور
نویسندگان
doi
10.22124/ar.2022.19943.1629چکیده
در این پژوهش از رکوردهای فنوتیپی صفت سن اولین گوسالهزایی گاوهای نلور برای مطالعه پویش ژنوم بر پایه تجزیه و تحلیل غنیسازی جهت شناسایی ساز و کارهای زیستی استفاده شد. ارزیابی پویش کل ژنوم با بسته نرم افزاری GHap بر پایه مدل هاپلوتیپی در برنامه R انجام شد. تجزیه غنیسازی مجموعههای ژنی با بسته نرمافزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی طبقات عملکردی و مسیرهای زیستی ژنهای نزدیک در مناطق ژنومی کاندیدا انجام شد و در نهایت برای تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی از پایگاههای GO، KEGG، DAVID و PANTHER استفاده شد. با تجزیه و تحلیل غنیسازی مجموعههای ژنی، مسیرهای هستیشناسی )ژنهای کاندیدا( Estrogen metabolic process ( HSD17B12 )، Synapse organization ( KIRREL3 و PPFIA2 )، Sensory perception of mechanical stimulus ( MYO3A و KCNMA1 )، Protein tyrosine kinase activity ( IGF1R )، cell-cell junction ( FRMD4A )، GnRH signaling pathway ( ADCY5 ) و Focal adhesion ( PPP1R12A ) شناسایی شدند. ژنهای کاندیدا نقش مهمی در باروری، سن اولین گوسالهزایی، بیوسنتز استروژن، نرخ آبستنی تلیسهها، رشد ابتدایی جنین، سن بلوغ و تنظیم هموستازی گلوکز در تخمدان داشتند. با توجه به تأیید مناطق قبلی پویش ژنومی و شناسایی مناطق ژنومی جدید، استفاده از یافتههای این پژوهش میتواند در انتخاب ژنتیکی گاو مفید باشد.