انگشت‌نگاری ژنتیکی جدایه‌های باکتری اشریشیا‌کلی جمع‌آوری شده از حیوانات باغ ‌وحش کرمان با روش ERIC-PCR

نویسندگان

1 استادیار، گروه پاتوبیولوژی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران

2 استادیار، گروه علوم پایه، دانشکدۀ دامپزشکی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران

3 دانش‌آموخته دکتری حرفه‌ای دامپزشکی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران

4 استاد، گروه میکروبیولوژی مولکولی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران

doi
10.22034/nfvm.2023.381222.1171
چکیده

انگشت‌نگاری ژنتیکی سویه‌های باکتری اشریشیاکلی در یک زیستگاه می‌تواند کمک شایانی به درک ما از تنوع ژنتیکی و چرخش آنها در میزبان‌های مختلف کند. در این مطالعه، تعداد 48 نمونه مدفوع از 24 نوع گونه حیوان سالم در باغ‌ وحش کرمان توسط سوآپ استریل جمع‌آوری شد. پس از جداسازی اشریشیاکلی، سویه‌ها با روش ERIC-PCR، انگشت‌نگاری ژنتیکی شده و الگوی باندهای به‌دست آمده از الکتروفورز با نرم‌افزار Gel Quest کالیبره و تجزیه و تحلیل شد. در گام بعد شباهت انواع ERIC با ترسیم درخت فیلوژنتیک توسط نرم‌افزار Cluster Viz با استفاده از الگوریتم UPGMA نشان داده شد. در این روش با قطع تشابه ≥90 درصد، 22 کلون مورد شناسایی قرار گرفت؛ الگوی ERIC جدایه‌های کبوتر با یک جدایه از طاووس، همچنین جدایه‌های شترمرغ با یک جدایه از طاووس، شباهت 100 درصدی داشت. جدایه‌های مرغ شاخدار، کاسکو و یک جدایه از شاه‌بوف با شباهت 100درصدی از نظر الگوی ERIC در کنار هم قرار گرفتند. همچنین جدایه‌های شتر و یک جدایه از شاه‌بوف شباهت 100 درصدی را در الگوی ERIC از خود نشان دادند. با توجه به اینکه چندین سویه جدا شده از میزبان‌های مختلف با گونه‌های متفاوت دارای شباهت 100 درصد در الگوی ERIC بودند، می‌توان نتیجه گرفت به علت نزدیک بودن این گونه‌‌های مختلف حیوانی در یک زیستگاه مانند باغ ‌وحش، باعث شده است که این سویه‌ها در بین حیوانات مختلف در گردش باشد.

کلیدواژه‌ها